Джон Кристофер «Джонни» Депп II родился 9 июня 1963 года в Овенсборо, штат Кентукки. Его мать, Бетти Су Палмер Уэллс, работала официанткой, отец, Джон Кристофер Депп, был инженером-строителем. У Деппа есть брат Даниэль, который пишет романы, и две сестры: Кристи, выступающая в качестве личного менеджера Джонни, и Дебби.

У Деппа есть немецкие, индейские и ирландские корни. Предком Джонни Деппа был французский протестант Пьер Дьепп, который обосновался в Вирджинии приблизительно в 1700 году. В одном интервью Депп рассказал, что, не зная истинного происхождения своей фамилии, он шутил, что в переводе с немецкого она означает «идиот».

Семья Джонни Деппа часто переезжала, сменив около 20 мест жительства, пока в 1970 году не обосновалась в городке Мирэмэр, штат Флорида. В 1978-м, родители Деппа развелись.

Когда Джонни Деппу было 12, мать подарила ему гитару. Спустя год после развода родителей, он бросил школу, чтобы стать рок-музыкантом. Позже Депп попал в группу «The Kids», пользующуюся успехом в родном городе. Вместе с ней Джонни отправился в Лос-Анджелес, чтобы записать пластинку. «The Kids» сменили название на «Six Gun Method», но это им не помогло: группа распалась, так и не заключив контракт ни с одним лэйблом.

24 декабря 1983 года Депп женился на сестре басиста «The Kids» Лори Энн Эллисон. Она работала визажистом, в то время как сам Депп подрабатывал продавцом. Позже Лори познакомила его с актером Николасом Кейджем, который настоятельно советовал Деппу заняться актерской карьерой. В 1985-м Депп и Эллисон развелись, и Джонни стал встречаться с актрисой Шерилин Фенн.

В 1990-м у Джонни Деппа начался бурный роман с Вайноной Райдер. Через четыре года Депп увлекся фотомоделью Кейт Мосс. А с 1998-го его сердце принадлежит французской актрисе и певице Ванессе Паради, которую он встретил на съемках картины «Девятые Врата». У пары есть два ребенка: дочь Лили Роуз Мелоди Депп (1999) и сын Джон Джек Кристофер Депп III (2002). У Деппа есть три дома - в Париже, Лос-Анджелесе и Сан-Тропе.

У Деппа на теле 13 татуировок. Среди них профиль индейца, надпись «Wino Forever» - «Пьяница навсегда» (первоначально «Winona Forever») на правом плече, имя дочери справа на груди, имя матери на левом плече, имя сына на левом предплечье.

Джонни Депп и Ванесса Паради имеют виноградники неподалеку от Сан-Тропе. Вместе с Шоном Пенном, Джоном Малковичем и Майком Хукнолом, Депп является владельцем ресторана «Man Ray», расположенного на Елисейских полях.